biociao/dsh-science/bioinformatics-toolkit

Name: bioinformatics-toolkit
Author: biociao

Claude Code and agent skill by biociao/dsh-science

Trust tier 3

community

Source check pending

Checking that the SKILL.md file is still in the repository.

基因组/病原体/生物信息分析工具箱：常见任务的标准工具链、流程模板与坑（序列处理、比对、变异、组装、系统发育、NGS 质检）。做生物信息分析时使用。

Install

npx vskill@latest install biociao/dsh-science/bioinformatics-toolkit

SKILL.md

生物信息工具箱（Bioinformatics Toolkit）

面向基因组 / 病原体 / 人类健康方向的常用任务与工具链。工具版本一律固定并记录到 envs/ 与实验 design.md。

常用工具链（按任务）

任务	工具（示例）	说明
质检	fastqc + multiqc	原始数据先质检；记录碱基质量、接头、GC
去接头/修剪	fastp / trimmomatic	参数记录到 log.md（长度、质量阈值）
比对	bwa mem（短读）、minimap2（长读/组装比对）	记录参考基因组版本与索引
比对后处理	samtools sort/index/flagstat、picard MarkDuplicates	每次跑完 flagstat 留存
变异调用	GATK HaplotypeCaller、freebayes、bcftools	记录过滤标准（QUAL、DP、QD 等）与参考版本
变异注释	snpEff / ANNOVAR / VEP	记录数据库版本
组装	SPAdes（细菌/短读）、flye（长读）、unicycler	记录 k-mer 与覆盖度
基因组注释	Prokka / bakta	记录数据库版本
系统发育	IQ-TREE / RAxML / FastTree	记录模型选择（如 ModelFinder）与 bootstrap
分型/流行病学	MLST、SeroBA、Mykrobe（耐药）、cgMLST	记录数据库版本与阈值
序列操作	seqkit、samtools faidx	切片、统计、格式转换
分析环境	Python（pandas/biopython/scikit-bio）、R（tidyverse/ggplot2）	环境用 conda 管理

流程模板（建议的目录内组织）

experiments/E01/
├── design.md      # 目的、参考版本、参数、预期
├── code/          # 脚本（可复现，含版本号）
├── results/       # 中间与最终结果（按步骤编号 01_/02_/...）
└── log.md         # 实际运行命令 + 输出摘要（flagstat、统计数）

数据规范

原始测序数据：data/raw/，只读，登记到 data-inventory（来源、下载命令、md5/sha256）。
参考基因组：记录版本与下载来源（如 GCF_000000000.1）。
公共数据库（NCBI/ENA/SRA/EBI）：记录 accession 列表文件。
样本清单：data/samples.csv（样本 id、批次、条件），所有分析以此为唯一事实来源。

常见坑

参考版本不一致 → 变异/比对不可比：每个实验 design.md 写明参考版本。
工具版本漂移 → 复现失败：envs/ 固定 conda 环境与 lock 文件。
未做多重检验校正 → 假阳性：差异分析用 BH-FDR；GWAS 类用严格阈值。
批次效应 → 结论偏差：多样本先查批次（PCA/UMAP），必要时校正。
污染/混合样本 → 病原体分析先用 kraken2/fastq screen 检查。
染色体 vs 质粒/噬菌体序列 → 组装后分类，别混在一起分析。
不确定某个软件用法时，先查其文档（<tool> --help、官网），不要凭记忆写参数。

复现优先

每完成一个关键步骤，把命令、参数、版本写入 log.md；最终结果 artifact_save（见 artifact-provenance）。

Security

Security scanPassed, 90 of 100Pattern checks on the skill's files.
Model reviewPassed

See the full security report

Quality evaluation

Task evaluationNot runNo evaluation yet. Run one in Skill Studio.

See evaluation results

Source

SKILL.md in the repositoryCheckingskills/bioinformatics-toolkit/SKILL.md

Popularity

Repository stars: 45
Repository forks: 4
7-day trend score: 0

Stars and forks are for the whole GitHub repository, not this skill alone. Not refreshed yet.

Works with

Any agent vskill installs to: 56 targets in all. These 39 have a page on this site.

Claude Code
Cursor
GitHub Copilot
Windsurf
Codex
Gemini CLI
Cline
Amp
Roo Code
Goose
Continue
Kilo Code
Junie
Trae
OpenHands
Qwen Code
AI Agent
Tabnine Chat
Sourcegraph Cody
Amazon Q
Firebase Genkit
Sweep
Devin
Phind
Mentat
Claude Desktop
Aider
GPT Pilot
Plandex
bolt.new
v0
Replit Agent
Anse
TypingMind
BetterChatGPT
LibreChat
Warp AI
Pieces
Fig AI

Embed badge

[![vskill VERIFIED](https://verified-skill.com/api/v1/skills/biociao/dsh-science/bioinformatics-toolkit/badge)](https://verified-skill.com/skills/biociao/dsh-science/bioinformatics-toolkit)

Something wrong with this skill or its page? Tell us.