biociao/dsh-science/manuscript-writing

论文撰写（Manuscript Pipeline）

从研究清单与工件出发逐节成稿，每一节都能回溯到执行记录。

前置检查（不满足先回循环）

• [ ] 每个关键论断已有 supported 状态且经过评审（见 scientific-reviewer）
• [ ] 引用的数据均已 artifact_save（论文引用格式：artifact <name> v<N>）
• [ ] 方法可复现：命令、参数、环境记录齐全（conda yaml / lock）
• [ ] 统计方法与多重检验校正已明确

成稿顺序

1. 大纲：manuscript/outline.md —— 标题（暂定）+ 摘要要点 + 章节结构

（引言 / 方法 / 结果 / 讨论 / 结论）。每节列出支撑证据（实验 id、工件名、文献 key）。

1. 方法（Methods）：先写。逐条来自执行记录：数据来源（data-inventory）、

环境与版本（envs/）、每步命令与参数、统计方法。可复现是硬标准。

1. 结果（Results）：按假设组织。每段 = 论断 + 证据（figure/table + 数字）+ 统计。

数字必须与工件一致（写完用 artifact_show 核对）。

1. 图表：figures/ 下编号 Figure 1/2/…，每图配标题与图注（说明统计与样本量）；

图对应脚本放 analyses/ 或实验结果目录，脚本产物与图版本一致。

1. 引言（Introduction）：研究背景 + 缺口 + 本工作假设（引用 literature/references.bib）。
2. 讨论（Discussion）：主要发现、局限、与文献关系、未来方向。区分"结果"与"推测"。
3. 摘要（Abstract）：最后写，从结果节提炼。

引用

• 用 citation key（见 literature-connector）；正文出现即入 literature/references.bib。
• 预印本标注 preprint；无法核实来源的引用一律删除。

自查（投稿前）

1. 跑一轮 scientific-reviewer：把结果节的每条论断交给评审子代理对照执行记录核查。
2. 数字一致性：抽查每个数字都能在工件/日志中找到。
3. 复现试跑：至少一个关键分析按 provenance 重跑通过。
4. 对照期刊要求：字数、结构、参考文献格式。
5. manuscript/ 下维护 changelog.md：每次修改记录日期与改动（对应版本化思想）。

纪律

• 不写没有证据支撑的句子；推测明确标注。
• 结果与讨论分离；负面/不显著结果如实报告。
• 每轮修改后更新 changelog，终稿前做一次全文一致性检查。