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研究循环（Research Loop, ReAct）

研究循环是科研项目的核心执行协议。每一轮迭代 = 一个完整的 Reason → Act → Observe 循环，结果落盘到研究清单（research-manifest.json），跨会话持续。

循环步骤

1. Question — 明确本轮要回答的问题。用 research_state 读取当前状态；问题不清晰时先用文献调研（literature-connector）收窄。
2. Hypothesis — 提出可证伪假设，用 research_hypothesis 登记（H1/H2/…）。好假设：可检验、有明确预期方向。
3. Experiment — 用 research_experiment 登记实验（E01/…），写清 design.md：目的、步骤、预期结果。先写设计再写代码。
4. Act — 写代码运行。代码放 experiments/<id>/code/，结果放 experiments/<id>/results/。每一步跑什么命令、参数是什么，写进 log.md。
5. Observe — 对照 design.md 的预期，记录实际观察（数值、图、表）。不要在此步下结论。
6. Analyze / Conclude — 用 research_findings 记录发现；conclusion 更新假设状态：

• supported：数据支持假设（注明统计方法与显著性）
• refuted：数据否定假设（说明哪个预期被违反）
• inconclusive：无法判定（说明缺什么数据/检验）

1. Next Question — research_findings 的 nextQuestion 开启下一轮：更新研究问题、迭代数 +1。

阶段推进

用 research_phase 推进：literature → hypothesis → experiment → analysis → manuscript → concluded。结论证据不足时不要跳到 manuscript。

循环纪律

• 每轮迭代结束必须调用一次 research_findings（即使结论是 inconclusive），保证清单可追溯。
• 重要的中间产物（数据表、图、模型）立即用 artifact_save 归档（见 artifact-provenance）。
• 一个会话内推进多轮迭代时，用 todo_write 跟踪每轮步骤；跨会话的长研究目标用 create_goal 建立目标，让目标轮次驱动循环。
• 关键论断进入论文前必须评审（见 scientific-reviewer）。
• 遇到阻塞（数据缺失、工具问题）先记录到 log.md，再决定降级方案，不要静默跳过。

示例节奏（一个会话）

research_state → 明确问题
research_hypothesis → 登记假设
research_experiment → 创建 E01
写代码 → 运行 → 记录 log.md
research_findings (finding + conclusion + nextQuestion)
research_phase → 推进阶段