cas-bigdatalab/piflow/bdbe-sexdetermine

Skill: bdbe_sexdetermine

Overview

本skill是用于单细胞样本性别判定的专用技能，首先需要用户上传需要处理的单细胞样本数据，再判定未标注性别的样本，或纠正标注错误的性别信息，生成最后的修正文件。

Trigger

当用户希望"对单细胞样本进行性别判定"、”使用单细胞样本性别判定工具“等情况时触发。

Parameters

Examples

Example 1: 基本使用

python scripts/bdbe_sexdetermine.py --input_file "D:\hqr\workspace\Agent\source\mousedemo.csv" --species mouse

Example 2: 指定输出目录

python scripts/bdbe_sexdetermine.py --input_file "D:\hqr\workspace\Agent\source\mousedemo.csv" --species mouse --output_dir "D:\hqr\workspace\Agent\output"

Implementation

核心流程

1. 文件上传 - 上传待判定性别的单细胞样本文件，获取文件唯一标识ID
2. 启动分析 - 触发性别判定分析，获取分析任务ID
3. 获取结果 - 轮询获取分析结果，直至返回有效结果
4. 下载文件 - 下载生成的性别判定结果文件

接口说明

• 文件上传接口：https://www.bdbe.cn/kun/api/upload (POST)
• 分析触发接口：https://www.bdbe.cn/kun/api/analysis?tool=SexDetermine&id={file_id}&species={species} (GET)
• 结果获取接口：https://www.bdbe.cn/kun/api/result?id={task_id} (GET)
• 文件下载接口：https://www.bdbe.cn/kun/api/result/download?link={link} (GET)

Notes

• 支持的文件格式：CSV格式
• 分析过程可能需要较长时间，脚本会自动轮询等待结果
• 结果包含样本性别判定列表和CSV格式的结果文件
• 下载的结果文件默认保存在上传文件所在目录，也可通过output_dir参数指定