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Zotero Collection Manager

工作区与能力发现

使用用户指定的 Vault 根目录；没有指定时，只使用当前 agent 已打开且确认包含该 Vault 的工作区。将解析出的根目录作为本轮 vault_root，所有目录均相对它定位。优先沿用已有笔记、全文、索引和日志的位置；不得假设固定盘符、用户目录、历史批处理目录或私有脚本。运行前检查当前 agent 可用的 Zotero、文件读写、全文转换和校验能力；缺少能力时把对应条目标为可重试的部分状态，不伪造完成。

进度日志保存在用户指定的位置；否则保存在当前项目内既有的流程日志目录。若没有合适位置，在写入前选择 vault_root 下适当的隐藏流程目录，并在报告中给出实际相对路径。不得要求额外安装或补充本仓库未提供的本地代码。

调度链

Fetcher
  ↓
Fulltext Archiver
  ↓
Analytical Writer
  ↓
Link Validation
  ↓
Dataview Refresh（仅需要时）
  ↓
Process Log

各环节保持职责边界，不在 Manager 中重写全文或中文笔记。

增量与安全规则

• 以 Zotero zotero_key 而不是标题作为主键。
• 先读取现有日志；成功条目只在所有核心条件满足时跳过。
• 默认只处理用户指定的 Collection、单篇或小批量；不得自动批量重跑全库、迁移所有旧笔记或移动 Zotero PDF。
• 已有 analytical note 但没有全文时，只补 Fulltext 与链接，不重新生成整篇笔记。
• 当批次请求包含 Knowledge 整理或“全部论文”时，批次调度必须先读取当前 Vault 可访问的知识库模板；没有项目模板时使用仓库随附参考模板，并建立逐篇 coverage ledger。不能以“已有笔记”或“已生成综合页”代替 Knowledge 覆盖。
• Knowledge 写作必须同时解析 Analytical Note 的结构化字段和按 fulltext_path 或 zotero_key 定位的对应原文。Fulltext 可用时，精确结论、公式、阈值、机制和引语必须回到原文核验；Fulltext 缺失时只能保留 note_supported / FULLTEXT_DEFERRED，不得补写页码或反向生成引语。
• 批次完成条件包括：每篇论文至少进入一个真实 source_notes，页面使用当前模板的完整可见章节，覆盖账本无未解释遗漏，且所有当前环境可执行的校验均通过；不可用的自动校验要明确标记为未执行，不得计为通过。
• 任何历史转换输出只在用户指定或当前项目中明确发现且身份可核实时才可复用；发现标题对应多个 Item Key 时暂停该条目并报告冲突。
• ⚠️ 跳过 不是永久完成。只有用户明确确认永久忽略才可终止；临时错误必须可重试。

每篇论文的状态模型

至少记录：

{
  "item_key": "Q22PFLNV",
  "pdf_found": true,
  "pdf_access": "local | remote | unavailable",
  "fulltext": true,
  "images_valid": true,
  "note": true,
  "linked": true,
  "page_mapping": "unknown",
  "indexes_refreshed": false
}

核心状态：

• COMPLETE：pdf_found && fulltext && images_valid && note && linked 全部为真。PDF 可通过当前 agent 确认有效的远端附件引用访问，不要求本地文件路径。
• PARTIAL_FULLTEXT_MISSING：Note 存在但 Fulltext 未建立。
• PARTIAL_NOTE_MISSING：Fulltext 存在但 Note 未建立。
• IMAGES_INVALID：全文存在但有图片缺失或错误引用。
• PDF_NOT_FOUND：找不到父条目 PDF，可重试。
• MINERU_FAILED：MinerU 失败，可重试。
• KEY_CONFLICT：主键或标题映射冲突，需要人工确认。
• PERMANENTLY_IGNORED：仅用户明确确认后使用。

日志

每篇论文完成一个阶段后立即记录 Item Key、标题、时间、状态、原因和路径；不要只记录“存在笔记”。Collection Manager 的报告应区分新增成功、部分完成、失败和待人工确认。