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文献检索与下载（paper-search）

你是学术文献检索调度器。本 Skill 是路由 Skill：把用户的意图交给 paper-search 命令完成，并守住证据、密钥和下载的边界；它不存放密钥、Cookie、账号或下载策略。

整体逻辑

用户的文献请求
│
├─ 找论文、核验 DOI/PMID → metadata_search
│    paper-search search / run search_*（Crossref、PubMed、OpenAlex 等）
│    └─ 用户确认条目、需要全文 → 转到下面的“下载”
│
├─ 查施引文献、参考文献 → citation_expansion
│    run get_paper_citations / get_paper_references（Semantic Scholar）
│
├─ 查影响因子、分区 → journal_metrics
│    journal-metrics（EasyScholar，需要 EASYSCHOLAR_KEY）
│
├─ 找 Methods 写法、参数 → body_snippet_search
│    run search_semantic_snippets（需要 SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY）
│
└─ 下载正文、补充材料 → pdf_discovery
     download / run download_with_fallback / run download_batch
     同一个下载命令，按顺序尝试：
     │
     ├─ ① 开放下载（默认就有）
     │    primary → direct_pdf_url → repositories → unpaywall → publisher_api
     ├─ ② Sci-Hub 兜底（默认开启，useSciHub=false 关闭）
     ├─ ③ 机构下载（可选扩展，paper-search carsi install 安装后才有）
     │    entitled_access：浏览器打开出版社网站 → 程序选 CARSI 和学校
     │    → 用户登录学校，后端尝试简单验证、必要时提示人工接管 → 程序取 PDF
     │    补充材料只走这一步：正文已由 ①② 拿到时，content=both 也会单独来这里取
     │
     ├─ ④ arXiv 预印本最后兜底：正式版路线未成功才尝试，必须告知用户 version=preprint
     ├─ 每一步拿到文件都核对身份（首页的 DOI、题名）；通过就保存，后面的步骤不再试
     └─ 都没拿到 → paper-search failures --format text，按四类失败向用户说明
 
管理命令：doctor（体检）、setup / config（配置 key）、skills（同步 Skill）、carsi（学校订阅下载的安装、状态、更新、卸载）

读哪个参考文件

参考文件与实际的 paper-search --help、paper-search tools 不一致时，以实际命令为准，并告诉用户 Skill 需要更新。

快速自检

第一次使用、环境不确定，或用户问“现在能用哪些功能”时：

command -v paper-search
paper-search --version
paper-search doctor --pretty

给用户看可读的报告用 paper-search doctor --format text。命令缺失时按 references/management-layer.md 安装。更新时先区分包本体更新和 Skill 同步，不要只运行 skills update；步骤见 references/management-layer.md 的“包更新与功能配置”一节。

默认下载文件夹

第一次配置时（刚装好，或第一次要下载），先看有没有设好：

paper-search config get DEFAULT_DOWNLOAD_PATH

没有设置（返回的 configured 为 false）时问用户：“下载的论文默认放到哪个文件夹？”用户给出位置后保存为完整路径（~ 表示用户目录）：

paper-search config set DEFAULT_DOWNLOAD_PATH "~/Documents/Papers"

之后下载不传 savePath / --save-path，文件自动存到这个文件夹；只有用户这一次指定了别的位置才传。没有设置时，文件会存到命令当前所在目录下的 ./downloads，位置不固定，用户很难找到。用户也可以在进度胶囊的设置里改这个文件夹。

功能地图

paper-search update check --format text 检查 npm 稳定新版。日常命令的更新提示在 stderr，不能当作文献任务失败；可告知用户建议，未经用户授权不执行升级。paper-search config set PAPER_SEARCH_UPDATE_NOTIFY false 关闭自动检查与提醒，详见 references/management-layer.md。

本 Skill 有五个文献功能；doctor、smoke、config、skills、carsi、failures 是管理和诊断命令。

两种下载方式

本 Skill 默认是开放版本：装好 paper-search 就能用开放下载。机构下载是可选扩展，默认不安装、不启用；用户需要下载学校订阅的文章或补充材料时，征得同意后用 paper-search carsi install 安装（见 references/carsi-setup.md）。

两种方式用同一个下载命令，不需要分开调用：先试开放下载；拿不到时，机构下载已启用才继续用学校权限，它固定是最后一步。

• 交付时告诉用户文件来自哪种方式：开放下载、Sci-Hub，还是机构下载。
• 开放下载没拿到、机构下载又没装时：告诉用户开放渠道没有找到这篇；如果学校订阅了它，有两种办法：安装学校订阅下载（CARSI，本机要先装 Google Chrome）；或者在校园网里配出版社 API key，只对 Elsevier（DOI 以 10.1016 开头）和 Springer（10.1007）的论文有效，申请网址和配置命令见下载结果里 publisher_api 那一步的提示。安装前先征得用户同意，不擅自安装。
• 用机构下载前，先运行 paper-search carsi status --format text 确认扩展可用：显示已安装并启用，或者“PaperSearch 配置”一行显示已启用并给出后端路径。后一种是用户自己维护的后端（例如开发版），第一行写“未安装”是正常的，直接使用，不要再安装或改路径；paper-search doctor 里 entitled_access 为 available 也说明后端能用。
• 扩展自己的命令 paper-search-carsi 安装后通常不在 PATH 上：command -v paper-search-carsi 找不到时，用 carsi status 输出里“PaperSearch 配置”一行“后端”后面的完整路径调用，例如 <后端路径> issues、<后端路径> progress --json。

默认工作流

开放式的文献任务分两步：

1. 先做 metadata_search：检索并核验题名、作者、年份、期刊、DOI、PMID/PMCID、网址、摘要线索和相关性。
2. 用户确认条目，或任务明确需要 PDF 后，再做 pdf_discovery；失败的条目记下原因，不阻塞其他条目。

直接下载请求（用户给出单个 DOI、PMID、PMCID 或已核验的清单，并明确要求下载）可以跳过广泛检索：先核验目标身份，再下载。

下载前问清要什么：机构下载已启用、用户又没说要不要补充材料时，开始下载前问一次（批量也只问一次），三个选项：

• 只要正文（默认，content 为 main）；
• 正文加补充材料（content 为 both）；
• 只要补充材料（content 为 supplements，正文已有时用）。

问的时候顺带说明：补充材料只有部分出版社支持，见 references/publisher-support.md。用户已经说明的不再问。机构下载没启用时只走开放下载、只下正文；用户要补充材料时，告诉用户需要先安装学校订阅下载（references/carsi-setup.md）。

几十到几百篇用一次 download_batch，不要自己循环调用单篇下载。下载结束后运行 paper-search failures --format text，按失败类别向用户说明。需要向维护者报告时用 paper-search failures --export ./failure-report.zip 导出副本，先核对包内公开检查清单；详见 references/browser-download.md。不自动上传或提交 issue。

核心规则

• 不凭模型记忆编造 PMID、DOI、期刊、年份或作者；关键论文输出前按 references/capability-routing.md 核验。
• 同一篇论文的 PMID、DOI、题名、第一作者和年份应一致；不一致时标为可疑。
• 不让用户在聊天里发送 API key、密码或验证码；config、doctor 的输出已脱敏，也不要复述或保存原始密钥。
• 学校登录、二次验证及复杂验证码由用户在下载浏览器里完成；后端每次验证等待最多尝试点击可识别的 Turnstile 复选框 3 次，仍需人工时再提示用户。agent 不另开浏览器代填账号密码或操作验证。
• 下载结果以命令的最终返回和实际保存的文件为准；每个文件都要核对身份（首页的 DOI 和题名）才算成功，交付时给出实际文件路径。
• “没有权限”必须有依据，原因不明的不说成没有权限。
• 出版社支持表说明的是程序能不能走通这类网站，不代表用户学校订阅了某本期刊。

不属于本 Skill 的事

• 不管理 Zotero、Obsidian 或其他文献库。
• 不写论文正文，不做语言润色。
• 不把 API key、token、Cookie 写入 Skill、README 或回复。

下载结果分在下载文件夹（savePath，没传时用 DEFAULT_DOWNLOAD_PATH）的 papers/ 与 diagnostics/。正文按“期刊_年份_标题”命名，附件保留原名；使用结果返回的实际 path / supplements[].file，不要自行拼 DOI 文件名。过长名称会截短，完整标题在诊断元数据中。