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Claude Code and agent skill by hylouis233/open-protein-binder-design

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当需要重算并审计 binder campaign 的候选排序、核对 recorded 与 recomputed 是否一致时使用;对应 openbinder audit-ranking(--fixture/--source)。典型触发语:"审计一下这个 campaign 的排序""recorded 和 recomputed 对得上吗""重算 top-N 命中率和 Spearman"。同义场景:ranking audit、排序审计、ensemble 重算、hit rate、缺失数据处理、missing data 报告。

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SKILL.md

binder-ranking-audit:排序审计(recorded vs recomputed)

目的

从公开的预计算分数与 wet-lab 标签出发,重算 ensemble 分数与排序指标(top-N 命中率、average precision、Spearman、随机基线),并与 recorded 排序并列对照。它的第一纪律:缺失就是缺失——缺分数的跳过并点名,缺标签的从标签指标排除,任何缺失都不得当零分、不得当非 binder。

前置检查

  1. 输入二选一:
  • --fixture synthetic-ranking:内置合成 candidates + wet-lab 标签,完全离线;
  • --source anthropic-claude-binder-v1 --target <target>:真实源,需要网络,且依赖已发布的 design_summary 表与 wet-lab 标签表。
  1. 真实源现状(必须如实告知用户):pinned revision 上 data/tables/ 等尚未上传完成,CLI 会打印结构化 unavailable 报告(缺哪些表、revision)并 exit 2——这是当前唯一正确的结果,不是故障。
  2. 产物落盘:output/binder-ranking-audit/<slug>/<timestamp>/。"ranking audit complete" 是五个人工 stage gate 之一。

1 · 执行审计

bash
openbinder audit-ranking --fixture synthetic-ranking --out output/binder-ranking-audit/<slug>/<timestamp>/
openbinder audit-ranking --source anthropic-claude-binder-v1 --target <target> --out <dir> # 网络
  • fixture 标签规则:先取每条记录自带的 recorded 标签,再用 wet-lab 标签文件覆盖——测量标签优先于记录标签;两边都没有的候选保持无标签,永不默认成非 binder;
  • 重算管线:按 target 分别 z-score / min-max 归一(退化 target 归一为 0.0 并披露注记)→ ensemble 为各 target 预测子 z-score 的算术平均(key 选择确定性)→ mid-rank 并列处理 → 纯 stdlib 指标。

2 · 产物与读法

  • ranking-audit-report.md + ranking-audit.json,无墙钟时间、跨运行 byte-identical;
  • 报告含:数据质量(重复 candidate_id)、recorded vs recomputed 逐记录对照表(两列分列,永不合并成一个"分数")、overall 与 per-target 指标、缺失数据报告、diversity 检查(相同 score dict、top-10 前缀家族集中度);
  • 读报告时:recomputed 与 recorded 不一致是发现,不是错误——如实并列呈现,由用户判断。

3 · 真实源 unavailable 的如实处理

  • design_summary 或 wet-lab 表在 pinned revision 不存在时:stderr 打印结构化 unavailable 报告(表名、revision、说明"发布方仍在上传"),exit 2;
  • 绝不从原始 vendor 曲线重建这些表,绝不拿 fixture 冒充真实表;
  • 正确动作:等发布方完成上传后 openbinder source lock 重新锁定,再重跑审计。

输出模板

markdown
## 排序审计结果:<campaign_id>
-记录数 / 有效数;缺分数 n 个(已点名跳过)、缺标签 n 个(已排除)
-指标:top-N hit rate / AP / Spearman / 随机基线(注明哪些是 recomputed)
-recorded vs recomputed:<一致要点与分歧要点,分歧逐条列出>
-diversity 检查:<相同 score dict、top-10 家族集中度>
-或:unavailable 报告(缺哪些表、revision、下一步 re-lock)

本技能不做什么

  • 不把缺失当零分、不把缺标签当非 binder:这是硬规则,无参数可以关闭。
  • 不重建不存在的表:原始曲线不在本仓库的解析范围内。
  • 不把高结构预测分数说成实验结合:指标是排序质量度量,不是结合能力的证据(docs/scope.md §4)。
  • 不硬编码论文数字:每个 recomputed 指标都由代码从输入数据推导。

收尾与下一步

  • 报告指标与缺失数据清单;真实源 unavailable 时明确"等上传完成 re-lock 后重跑"。
  • 通过 stage-gate 审批后,下一步是 binder-report(审计产物纳入最终报告束,重算内容归类为 recomputed,recorded 内容保持 recorded 分列)。

Security

  • Security scanPassed, 90 of 100Pattern checks on the skill's files.
  • Model reviewPassed

Quality evaluation

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