hylouis233/open-protein-binder-design/binder-replay

Claude Code and agent skill by hylouis233/open-protein-binder-design

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当需要回放已记录的 binder 设计 campaign、重现每一步"当时知道什么、决定了什么"时使用;对应 openbinder replay(--fixture/--events/--source)。典型触发语:"帮我回放一下 IL-7Ra 的 binder campaign""回放那个失败的 campaign""看看当时每一步都知道了什么"。同义场景:campaign replay、事件流回放、replay report、gap 分析、时间线重建。

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SKILL.md

binder-replay:campaign 事件流回放

目的

回放把公开的 campaign 过程记录(per-design provenance)归一化成统一事件流,重建 campaign 状态与逐步时间线:每一步当时掌握了什么证据、做了什么决定、哪里是缺口。成功和失败的 campaign 都回放——失败 campaign 的 gap 往往比成功的时间线更有信息量。全程不执行任何蛋白模型、不调任何 LLM。

前置检查

  1. 确认输入三选一:
  • --fixture {synthetic-success, synthetic-failure}:内置合成 fixture,完全离线;
  • --events <campaign-events.jsonl> --campaign <campaign_id>:自带事件流,离线;
  • --source anthropic-claude-binder-v1 --target <target> [--campaign <id>]:从已登记源按下载策略逐条拉取 per-design provenance.json,需要网络。
  1. --source 模式额外检查:源已 lock;未知 target/campaign 会 exit 2 并列出 API 实际提供的可选项——把列表原样给用户,不猜。
  2. 产物落盘:output/binder-replay/<slug>/<timestamp>/;同一源多 campaign 时每个 campaign 一个子目录。

1 · 执行回放

bash
# 离线 fixture
openbinder replay --fixture synthetic-failure --out output/binder-replay/<slug>/<timestamp>/
# 自带事件流
openbinder replay --events events.jsonl --campaign <campaign_id> --out <dir>
# 真实源(网络,策略门控)
openbinder replay --source anthropic-claude-binder-v1 --target <target> --out <dir>

产物(replay-report.md + replay-state.json + provenance 记录):

  • 报告四节:Summary / Timeline / Decisions / Gaps;
  • --source 模式的报告追加 ## Source availability 一节,如实列出 design_summary / wetlab_labels / docs / manifests 四类表的可用状态;
  • 每次运行登记 provenance(campaign、status、gaps 数)。

2 · gap 语义(报告的核心纪律)

  • 以下情况一律记为 gap:跳过的规范阶段、不归属于任何阶段的事件、未 finalize 的事件流;
  • gap 是"记录里没有什么",永不插值、永不脑补——不把相邻步骤的内容缝进缺口;
  • 声明了但缺失的字段以 None + missing_fields 呈现;CLI 会打印缺失计数,转述时不得抹掉。

3 · 确定性

  • 报告与状态文件逐字节确定:相同输入重跑产出 byte-identical artifact;报告不含任何墙钟时间(ts 只存在于 .openscience/provenance.jsonl);
  • 因此 replay 产物可以直接进证据胶囊与对比报告,diff 即审计。

4 · 失败语义

  • 未知 campaign / 缺文件 / 未知 target:exit 2,错误信息列出实际可选项;
  • 下载被策略拦截(blocked):exit 2 + 结构化原因,是纪律生效;
  • 源不可达(unavailable):exit 2,是 source gap,不等于 campaign 不存在;
  • 回放本身不需要审批:五个人工 stage gate 不含 replay,事件回放永不阻塞等待批准。

输出模板

markdown
## 回放结果:<campaign_id>
-状态:<status>;事件数 / 设计数
-产物:replay-report.md / replay-state.json 路径
-时间线要点:<3-6 条关键步骤与决定>
-Gaps:<逐条列出;无则写"无已知缺口">
-Source availability(--source 时):<四类表状态>
-provenance:已登记(tool=openbinder:replay)

本技能不做什么

  • 不执行蛋白模型:回放的是记录,candidate 生成与打分永远不在本仓库重跑。
  • 不调 LLM:replay 引擎是纯规则重建;要模型决策请用 binder-agent-eval。
  • 不填补 gap:缺口如实报告,"没记录"永远不写成"没发生"或"失败了"。
  • 不承诺复现:没有重跑蛋白模型,generation campaign 永远不能叫 reproduced(docs/scope.md §8)。

收尾与下一步

  • 向用户报告 campaign 状态、时间线要点与全部 gap;有 missing_fields 时明确计数。
  • 下一步通常是 binder-ranking-audit(审计该 campaign 的排序)或 binder-agent-eval(在相同阶段输入上评测模型决策)。

Security

  • Security scanPassed, 90 of 100Pattern checks on the skill's files.
  • Model reviewPassed

Quality evaluation

  • Task evaluationNot runNo evaluation yet. Run one in Skill Studio.

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