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Claude Code and agent skill by hylouis233/open-protein-binder-design

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当需要把 output/ 下已产生的 replay、agent 评测、ranking 审计产物汇总成最终报告束时使用;收集既有 artifact、按六类证据分级标注、生成 limitations 并提交 stage-gate 审批。典型触发语:"把这些产物汇总成最终报告""出一份 binder 最终报告和 limitations""把 replay/评测/审计结果打包成报告束"。同义场景:最终报告、报告束、evidence grading、limitations、claim check、收尾报告。

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SKILL.md

binder-report:最终报告束汇总

目的

把分散在 output/binder-replay/、output/binder-agent-eval/、output/binder-ranking-audit/ 下的产物收拢成一份可交付的最终报告束,并为报告中的每一条内容贴上证据分级标签。本技能是组装与标注,不重新计算任何指标、不生成任何新结论——报告束里的每个数字都必须能回溯到一个已落盘的 artifact 和一条 provenance 记录。

前置检查

  1. 至少存在一类上游产物:replay-report.md/replay-state.json、agent-comparison-report.md/agent-eval-results.json、ranking-audit-report.md/ranking-audit.json;一份都没有时拒绝组装,先回上游技能补产物。
  2. 核对 .openscience/provenance.jsonl:每个被引用的 artifact 都有对应登记记录(tool、paths、note);找不到登记的 artifact 只能标注为"来源待核实",不得当作正式结论引用。
  3. 产物落盘:output/binder-report/<slug>/<timestamp>/。"final report" 是五个人工 stage gate 之一,报告束完成后必须提交 stage-gate 审批。

1 · 收集产物

在 output/ 下定位本项目 slug 的最新一轮产物,清单化记录每个文件的路径与 provenance 条目。缺哪一类(如还没做 audit)就在报告束中如实写"本次未包含",不得留空章节假装做过。

2 · 组装报告束

固定四个成员:

  • campaign-replay-report:replay 产物的汇总(campaign 状态、时间线要点、全部 gap;多 campaign 逐一列出);
  • agent-comparison-report:评测产物汇总(provider 名单、评分要点、invalid_output 数、冻结件位置、不可计算 case 数);
  • ranking-audit-report:审计产物汇总(指标、recorded vs recomputed 分歧、缺失数据清单;真实源 unavailable 时收录 unavailable 报告原文要点);
  • limitations.md:局限与非声明,至少覆盖:本仓库不运行任何蛋白模型、不生成新 binder 序列;未复现论文 wet-lab 命中率;结构预测高分 ≠ 实验结合;mock/replay 对照 ≠ 真实模型能力;真实源 tables 当前 unavailable 的缺口。

3 · 证据分级(每条内容必标)

报告正文中的每一处实质内容必须归入且仅归入六类之一:

标签含义本仓库典型来源
recorded原始 campaign 记录中的内容replay 时间线、recorded 排序
recomputed本仓库代码从输入数据重算的结果ranking 指标、ensemble
model-generatedLLM agent 在评测中产出的内容冻结决策、评分
externally imported外部平台返回并校验通过的内容handoff 导入(当前无)
experimentally measured实验测量值wet-lab 标签
unavailable确认拿不到的未上传完成的 tables

分级纪律(docs/scope.md §8):Claude 原始 campaign 至多称 traceable;重跑对比通过的统计才可称 reproduced;没有重跑蛋白模型的 generation campaign 永远不能称 reproduced。

4 · 提交 stage-gate 审批

报告束落盘并登记 provenance 后,走 openscience stage-gate:呈现四类产物路径、关键结果摘要、全部风险与缺口,等用户 approve / revise / reject。revise 时归档旧报告束、带意见重跑,不覆盖。

输出模板

markdown
## 最终报告束:<slug>(<timestamp>)
-campaign-replay-report:<路径>(campaign 状态与 gap 计数)
-agent-comparison-report:<路径>(provider 与无效输出计数)
-ranking-audit-report:<路径>(或"本次未包含")
-limitations.md:<路径>
-证据分级统计:recorded n / recomputed n / model-generated n / externally imported n / experimentally measured n / unavailable n
-待审批:stage-gate(final report)

本技能不做什么

  • 不重算:报告束只引用已落盘 artifact 的内容;发现数字要变,回上游技能重跑。
  • 不调和 recorded 与 recomputed 的分歧:并列呈现,不"平均"掉。
  • 不省略 limitations:六类之外无内容,limitations.md 不得为空壳。
  • 不替用户审批:报告束完成 ≠ 项目完成,stage-gate 三选一只能由用户回答。

收尾与下一步

  • approve:报告束可作为证据胶囊归档(能力等级按 §3 纪律如实标注,通常 traceable / re_executable 而非 reproduced)。
  • revise:归档本轮报告束,意见注入对应上游技能重跑后重新组装。
  • reject:写结题说明,产物保留原位。

Security

  • Security scanPassed, 90 of 100Pattern checks on the skill's files.
  • Model reviewPassed

Quality evaluation

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