hylouis233/open-protein-binder-design/binder-source
Claude Code and agent skill by hylouis233/open-protein-binder-design
- community
Checking that the SKILL.md file is still in the repository.
当需要登记、查看、锁定或按白名单下载 binder 数据源文件时使用;对应 openbinder source list/inspect/lock/download 四个子命令。典型触发语:"看看 anthropic-claude-binder-v1 这个源""inspect 一下远端文件列表""把源锁定到当前 revision""下载那个 README 小文件"。同义场景:数据源注册、source registry、pin revision、source.lock.json、下载白名单、download policy、blocked 文件、源不可用怎么办。
Install
npx vskill@latest install hylouis233/open-protein-binder-design/binder-sourceSKILL.md
binder-source:数据源登记与白名单下载
目的
binder campaign 的一切分析都从"数据从哪来、锁在哪个版本、哪些文件允许落地"开始。本技能把这条纪律固化下来:源以 YAML manifest 登记在 sources/(名称、HF 仓库、pinned revision、license、attribution、下载策略),远端文件列表只读 inspect,revision 用 lock 钉死,下载只放行白名单内的小文件。它保证后续 replay / audit 引用的每一个字节都能回溯到一个 pinned revision 和一条 provenance 记录。
前置检查
- 确认本仓库已安装:
pip install -e ".[dev]",openbinder --help可用(或python -m openbinder)。 - 确认源已登记:
openbinder source list应列出目标 source_id(当前为anthropic-claude-binder-v1)。未登记的源不能靠猜名字使用。 inspect/lock/download需要网络访问 Hugging Face;离线环境下它们会以结构化错误失败(exit 2),这不是 bug,不得把失败当成"源不存在"。只有source list是纯本地的。- 产物落盘目录遵循
output/binder-source/<slug>/<timestamp>/;slug 由项目名确定,timestamp 每次运行一个。
1 · 查看与检查(list / inspect)
inspect是只读操作:列出 pinned revision 下的远端文件清单与字节估计,不下载任何内容。- 注意
size_unknown计数:大小未知的文件在下载策略里一律被拦(见下),inspect 时就要看清哪些文件后续不可下载。
2 · 锁定 revision(lock)
- 把当前远端 revision 钉进
source.lock.json,并写入 provenance;此后所有引用都以该 revision 为准。 - 发布方还在上传时(当前现状:
data/tables/、data/docs/、data/manifests/在 pinned revision 不存在),lock 到的就是不完整的版本——如实记录,等上传完成后重新 lock,绝不用旧 revision 冒充完整版。
3 · 白名单下载(download)
下载策略(deny-by-default,定义在源 manifest 的 download_policy):
- 只放行
allowed_files白名单(精确路径 + fnmatch 模式)内的文件; blocked_patterns(*.pdb、*.pae*、*sensorgram*、weights 等)在任何情况下不可下载;- 单文件 ≤ 20 MB、会话累计 ≤ 50 MB、大小未知的文件一律拒绝;
- 违反任何一条返回结构化
blocked错误(exit 2),包含被拒原因——永不静默绕过,也不得建议用户改策略绕过去; - 每一笔实际下载都带字节数登记进
.openscience/provenance.jsonl(7 字段契约)。
4 · 失败语义(必须原样转述给用户)
blocked:策略拒绝,是纪律生效,不是故障;报告被拒的文件与规则。unavailable/ 网络失败:源当前不可达或文件在 pinned revision 不存在,是 source gap,报告为 unavailable,绝不当作阴性结果("没下到" ≠ "没有")。- 未知 source_id:exit 2 并列出已登记的源,不猜测。
输出模板
本技能不做什么
- 不批量下载:不做数据集克隆、不碰 PDB/PAE/sensorgram 原始档案,白名单之外一律拒绝。
- 不修改源 manifest 来"方便"下载:策略变更是仓库级决策,不在技能执行中顺手改。
- 不把下载失败解释成数据不存在:failed lookup 是 source gap,不是阴性。
- 不登记假 provenance:没有实际发生的下载不写字节数记录。
收尾与下一步
- 向用户报告 revision、落地文件、被拦截项与缺口;提示 tables 类内容当前 unavailable 时,说明"等发布方完成上传后重新
source lock"。 - 下一步通常是 binder-protocol(把协议草稿编译成结构化 protocol)或 binder-replay(基于已锁定源回放 campaign)。
Security
- Security scanPassed, 90 of 100Pattern checks on the skill's files.
- Model reviewPassed
Quality evaluation
- Task evaluationNot runNo evaluation yet. Run one in Skill Studio.
Source
- SKILL.md in the repositoryCheckingplugins/science-protein/skills/binder-source/SKILL.md
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