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Skill v1.0.0
Automated scan100/100wuhaotian0508/nutrimaster/pubmed-database
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PublishedApril 28, 2026 at 02:41 AM
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Git SHA6d75a128ac3f
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version: "1.0.0" name: pubmed-database description: > 搜索 PubMed 生物医学文献数据库,支持高级检索语法、MeSH 术语、 字段限定搜索和系统性文献综述。当用户询问基因功能、代谢通路、 作物育种相关文献时自动触发。系统会自动提取关键术语并翻译成英文。 tools: [pubmed_search]
PubMed 文献搜索技能
使用 pubmed_search 工具搜索 NCBI PubMed 数据库,获取生物医学文献的标题、摘要、期刊和链接。
使用时机
- 用户询问特定基因、蛋白质、代谢通路的研究文献
- 用户需要查找作物营养代谢相关的最新进展
- 用户要求文献综述或研究证据支持
- 涉及 CRISPR、基因编辑、转基因等生物技术主题
查询处理机制
自动术语翻译
系统会自动使用 LLM 提取查询中的关键生物学术语并翻译成英文:
- 中文查询: "番茄果实中类胡萝卜素的合成途径"
- 自动提取: 番茄→tomato, 果实→fruit, 类胡萝卜素→carotenoid, 合成途径→biosynthesis pathway
- 增强查询: "番茄 tomato 果实 fruit 类胡萝卜素 carotenoid 合成途径 biosynthesis pathway"
- 混合查询: "CRISPR 编辑提高玉米赖氨酸含量"
- 自动提取: CRISPR→CRISPR, 编辑→editing, 玉米→maize, 赖氨酸→lysine, 含量→content
- 纯英文查询: 保持原样,无需翻译
你无需手动翻译查询,直接使用用户的原始输入即可。
搜索策略
1. 使用精确的搜索词
| 搜索目标 | 推荐查询模式 | 示例 | |
|---|---|---|---|
| 特定基因功能 | 基因名 + 功能关键词 + 物种 | OsNAS2 iron biofortification rice | |
| 代谢通路 | 通路名 + crop/plant | carotenoid biosynthesis pathway maize | |
| 基因编辑 | CRISPR + 基因名 + 物种 | CRISPR Cas9 GmFAD2 soybean | |
| 营养强化 | biofortification + 营养素 + 作物 | biofortification vitamin A wheat 或 生物强化 维生素A 小麦 | |
| 综述文献 | 关键词 + review | selenium metabolism plant review 或 硒代谢 植物 综述 | |
| 特定作者 | 作者名 + 研究方向 | Zhang H CRISPR rice nutrition |
2. 使用 PubMed 高级语法(传入 pubmed_search 的 query 参数)
- MeSH 术语:
vitamin C[MeSH]— 使用 MeSH 受控词汇,自动包含下位词 - 字段限定:
CRISPR[Title]— 限定标题搜索;Zhang[Author] - 布尔运算:
rice AND (iron OR zinc) AND biofortification - 日期限定:
2020:2024[Date - Publication]— 限定发表年份 - 文献类型:
review[Publication Type]— 限定综述文章
3. 分步搜索策略
对于复杂问题,分多次搜索不同角度:
- 先搜基因名 + 功能 — 获取直接相关文献
- 再搜通路名 + 物种 — 补充通路上下游信息
- 最后搜综述 — 获取领域全貌
4. PICO 框架(系统性综述)
对于需要全面文献检索的问题:
- Population: 目标物种/作物(如 rice, wheat, maize)
- Intervention: 干预手段(如 CRISPR editing, overexpression)
- Comparison: 对照组(如 wild type, untreated)
- Outcome: 预期结果(如 increased iron content, enhanced yield)
结果处理
- 工具返回每篇文献的标题、期刊、PMID 和摘要
- 在回答中使用 [1] [2] 等编号引用文献
- 优先引用高影响力期刊(Nature, Science, Plant Cell, PNAS 等)
- 优先引用近 5 年的研究成果
- 注意区分实验验证的结论和关联性推测
常用查询模板
# 维生素代谢基因vitamin E tocopherol biosynthesis gene crop# 矿物质转运蛋白iron transporter gene rice biofortification# 氨基酸代谢lysine biosynthesis regulation maize kernel# 类胡萝卜素通路carotenoid pathway gene golden rice beta-carotene# 基因编辑应用CRISPR genome editing nutritional quality crop improvement