zhyan0603/gpumdkit/gpumdkit-skill-zh

GPUMDkit

将本技能作为 GPUMDkit 工具、GPUMD 模拟、NEP 训练与评估、结果验证和后处理的统一入口。每次只加载当前任务真正需要的参考文件。

必须遵守的规则

• 在给出命令、修改输入、运行工具或解释结果之前，先阅读相应的参考文件。本地参考或帮助信息可用时，不要凭记忆作答。
• 只要尚未确定的选择可能影响科学含义、数值稳定性、数据筛选、单位、计算成本或结果解释，就必须询问用户。不得自行编造“看起来合理”的参数。
• 未获得用户输入或未找到明确的项目既有设置时，不得擅自决定势函数、元素/类型映射、电荷、温度、时间步长、系综、压力、约束、运行步数、采样间隔、拟合区间、截断半径、随机种子或收敛标准。
• 明确区分文档默认值、项目约定、一般建议和用户决定。不得把默认值悄悄当成正式计算参数。
• 未经用户明确授权，不得覆盖输入文件、丢弃结构、启动 GPUMD/NEP/DFT、提交作业或开始耗时、昂贵的计算。
• 在已授权任务内，目录命名、不覆盖原文件的复制和常规整理可直接执行。沿用确认的设置；缺失科学参数先提出建议供审核，用户修改后同步更新输入与记录。
• 准备文件不等于获准执行计算。已授权的阶段应在批准范围内继续完成，不反复询问同一项授权。
• 不默认创建测试集，不复制训练数据充当测试数据。遵循用户的划分决定，并说明独立验证的限制。
• 在生成或翻译 GPUMD run.in 之前，先确认 GPUMD 版本。对于 GPUMD 5.7 及更高版本，原先由已删除 dump 关键字承担的输出功能使用 dump_xyz；dump_position、dump_velocity、dump_force 和 dump_exyz 只能作为 references/gpumd-outputs.md 中明确标注的 5.7 之前迁移语法。
• 遇到解析错误、NaN/Inf、输出缺失、模拟不稳定或无法解释的警告时，应立即停止。先报告证据，再询问是否调整科学参数或重试。
• 保留原始数据和工作区中与当前任务无关的改动。记录数据转换、筛选条件、排除项、执行命令、软件版本和所作假设。
• 在隔离的临时目录中运行冒烟测试，并在交付前移除所有临时文件、目录、缓存和测试生成输出。只能定位并删除本次工作创建的路径；不得使用可能误删用户数据的宽泛清理目标。

参考文件路由

根据任务读取一个或多个参考文件，不要默认加载全部内容。

按当前阶段加载参考：

• 已有 MSD 的变温分析：arrhenius.md 和 visualization.md；计算电导率或轨迹 MSD 时再读 calculators.md。
• 模拟准备：gpumd.md，以及当前方案涉及的输入、系综、计算和输出参考。
• 数据集准备：nep-data.md，以及本次使用的转换、筛选或采样参考。
• 训练配置与评估：nep.md，以及相应的参数或输出参考。
• 主动学习：先读 workflows.md 的 iter00/iter01 目录、阶段衔接和授权约定，再加载当前采样、选样、DFT 标注、训练或验证阶段需要的参考。
• 代码或文档修改：contributing.md 和受影响模块的参考；调整绘图外观时加读 plotting-style.md。

信息来源优先级

按以下顺序采用证据：

1. 本地可执行文件的版本、帮助、解析器信息及对应源码。
2. 对应 release 或 commit 的官方文档。
3. GPUMDkit CLI、模块帮助和目标脚本实现。
4. 版本范围与本次任务一致的内置参考。
5. 已确认可在同一可执行文件版本下正常工作的项目输入。

若不同来源互相矛盾，应列出具体冲突、可执行文件版本和解析器证据，再询问本任务应以哪个版本为准。不要猜测特定版本的语法，也不要把旧的独立 GPUMD/NEP 技能当作权威来源。

工作流程

1. 判断任务类型，并加载满足任务所需的最小参考集合。
2. 检查现有文件、可执行文件版本、本地帮助和项目约定。
3. 用简洁问题列出仍缺少的决定。可以继续安全的只读检查，但不得自行补上科学参数。
4. 在执行昂贵计算前，说明已经确认的文件方案、命令、预期输出和验证标准。
5. 有文档支持时，优先使用 gpumdkit.sh 命令。只有参考文件明确指出该功能仅能从菜单/调试路径调用，或确实没有 CLI 入口时，才直接运行 ${GPUMDkit_path}/Scripts/ 下的脚本。
6. 获得执行授权后，记录完整命令、工作目录、版本、退出状态和警告；合适时先运行经用户同意的小规模测试。
7. 开始后续分析前，先验证文件结构和物理行为。将平衡阶段与正式采样阶段分开，并说明排除的数据。
8. 交付结果时给出单位、数据来源、收敛或拟合证据、不确定性和适用限制。

可移植性

• 所有链接均相对于本技能目录解析，不依赖特定产品的激活工具。
• 使用标准 Markdown、YAML frontmatter、Shell 命令和仓库相对资源，使其可被兼容 Agent Skills 的客户端读取。
• agents/openai.yaml 只是可选的界面元数据，不得依赖其中内容决定行为。
• 优先通过 ${GPUMDkit_path} 访问仓库资源；若变量未设置，应从当前工作区定位仓库或询问用户，不要猜测路径。